La protéine Emw2T est une protéine structurée. Elle est constituée de 5 chaînes polypeptidiques nommées A, B, C, D et E. Les pourcentages d’identité entre les structures primaires de ces chaînes sont reportées dans le tableau suivant :

     A  100 %
     B   76 %  100 %
     C   84 %   75 %  100 %
     D   79 %   76 %   83 %  100 %
     E   75 %   75 %   94 %   92 %  100 %
         A      B      C      D      E    

Certaines chaînes sont structurées en plusieurs domaines :

chaîne          :  A  B  C  D  E  
Nb. de domaines :  2  1  2  1  2

Par conséquent, on peut dire que Emw2T est une protéine :

Pour résoudre l'exercice et répondre aux questions vous pourrez consulter le tableau (enzymes protéolytiques) et la figure (spectres d'absorption) qui se trouvent tout en bas.

On analyse un peptide P afin d'en déterminer la séquence.

1. On observe que le peptide P absorbe la lumière UV à une longueur d'onde de 280 nm.
2. Le peptide P soumis à l'action de la thermolysine ne subit aucune fragmentation.
3. Un échantillon de peptide P est traité avec une carboxypeptidase. Les produits qui se forment sont : une molécule Thr et un di-peptide.
4. Un échantillon de peptide P est soumis à hydrolyse acide totale à chaud (HCl 6M, 110°C, 24 h). Les produits qui se forment sont :
      1 Asp
      1 Thr
5. Le petide P, soumis à une électrophorèse sur gel à pH 7, ne migre pas (ni vers le pôle positif, ni vers le pôle négatif).

Répondre aux questions :

1. Quel est le résidu en position Nter ?
   (utiliser le code d'une lettre ; ex. : H, et non pas His}

2.  Quel est la longueur du peptide P ?
   2

   3

   4

   5

   6

   7

   8

   9

   10
   résidus

3. Y a-t-il des triptophanes dans la séquence de P ? Combien ?
   0

   1

   2

   3

4. Quelle est la séquence du peptide ?
   N_ter––C_ter
   (utiliser les codes d'une lettre, sans espaces}

À quelle catégorie appartiennent les quatre molécules ci-dessous ?

acide aminé protéinogène acide aminé non protéinogène pas un acide aminé (1)

acide aminé protéinogène acide aminé non protéinogène pas un acide aminé (2)

acide aminé protéinogène acide aminé non protéinogène pas un acide aminé (3)

acide aminé protéinogène acide aminé non protéinogène pas un acide aminé (4)

Pour résoudre l'exercice et répondre aux questions vous pourrez consulter le tableau (enzymes protéolytiques) et la figure (spectres d'absorption) qui se trouvent tout en bas.

On analyse un peptide P afin d'en déterminer la séquence.

1. On observe que le peptide P absorbe la lumière UV à une longueur d'onde de 280 nm.
2. Le peptide P soumis à l'action de la thermolysine ne subit aucune fragmentation.
3. Un échantillon de peptide P est traité avec une carboxypeptidase. Les produits qui se forment sont : une molécule Thr et un di-peptide.
4. Un échantillon de peptide P est soumis à hydrolyse acide totale à chaud (HCl 6M, 110°C, 24 h). Les produits qui se forment sont :
      1 Asp
      1 Thr
5. Le petide P, soumis à une électrophorèse sur gel à pH 7, ne migre pas (ni vers le pôle positif, ni vers le pôle négatif).

Répondre aux questions :

1. Quel est le résidu en position Nter ?
   (utiliser le code d'une lettre ; ex. : H, et non pas His}

2.  Quel est la longueur du peptide P ?
   2

   3

   4

   5

   6

   7

   8

   9

   10
   résidus

3. Y a-t-il des triptophanes dans la séquence de P ? Combien ?
   0

   1

   2

   3

4. Quelle est la séquence du peptide ?
   N_ter––C_ter
   (utiliser les codes d'une lettre, sans espaces}

Munissez-vous de papier et stylo.

Soit le tri-peptide de séquence AHV.

Combien d'atomes donneurs de liaisons hydrogène sont présents au total sur la molécule si tous ses groupements chimiques ionisables se trouvent dans leur forme ionisée ?

Le récepteur Rtk8Q est une protéine structurée en deux domaines, dont un domaine membranaire (inséré dans la membrane plasmique de la cellule) et un domaine extra-cellulaire (exposé sur la surface extérieure de la membrane). Un échantillon purifié de cette protéine est soumis à une fragmentation ménagée par des protéases, puis les fragments sont séquencés. Les séquences de quelques fragments sont reportées ci-dessous.

Lequel des fragments appartient au domaine membranaire de la protéine Rtk8Q ?

Soit le peptide de séquence :

CLLUEFUNPPDRGULIU

Combien de groupes chimiques qui portent des électrons conjugués contient cette molécule lorsqu'elle se trouve à pH 7 ?

Pour rappel : les trois diagrammes de Ramachandran discutés en cours sont reportés ci-dessous.

Des chercheurs ont résolu la structure tertiaire de la protéine Rat2B

par diffraction de rayons X. Ils s'intéressent en particulier à la conformation d'une boucle (résidus 248–251) qui est censée interagir avec des anticorps. Les chercheurs décrivent

la conformation observée pour cette boucle comme suit :

————Gly_248————Glu_249————Pro_250————Gly_251————

D'après ces informations, que peux-t-on dire sur la conformation de cette boucle ?

À quel pH cet acide aminé se trouvera majoritairement sous cette forme (c.-à-d. avec ses groupes acides/basiques dans l'état de charge représenté dans la figure) ?

Répondre aux trois questions (a, b, c) ci-dessous.

Ce composé est soumis à un traitement acide (HCl 6M) à chaud (T=110 °C). Dans ces conditions, tous les groupes amides sont hydrolysés au bout de 24 h.

1. Combien de produits se forment suite à l’hydrolyse d’une molécule de ce composé ?
   1

   2

   3

   4

   5

   6

   7

   8

   9

   10
2. Combien de ces produits sont des acides aminés ?
   0

   1

   2

   3

   4

   5

   6

   7

   8

   9

   10

Les masses molaires de trois parmi les produits formés sont indiquées ci-dessous :

• 127,14 g/mol   formule moléculaire : 
•  17,03 g/mol   formule moléculaire :
• 115,13 g/mol   formule moléculaire :

(remarque : les masses molaires sont celles des formes moléculaires où tous les groupes ionisables sont neutres)

1. Écrire (ci-dessus) la formule moléculaire de chacun de ces produits. Pour que votre réponse soit valide :
• n’utilisez pas d’espaces.
  Ex. :  "C2 H6 O" (invalide)  ; "C2H6O" (valide)
• écrivez des formules moléculaires, n’écrivez pas de formules de structure (ni développés ni semi-développées).
  Ex. : "CH3CH2OH"  (invalide) ; "C2H6O" (valide)