Menjadikan Departemen Koperasi dan Pengusaha Kecil Menengah (PKM), sebagai Menteri Negara

Memperbaharui ketentuan perundangan untuk mengoptimalkan peran dan fungsi para pelaku hukum

Membubarkan Departemen Penerangan. Pada masa Orde Baru, Departemen Penerangan dimanfaatkan oleh Presiden Soeharto sebagai alat untuk mengekang kebebasan pers. Oleh sebab itu, Gus Dur menghendaki pembubaran Departemen Penerangan agar kebebasan pers bisa terjamin

Mencabutnya ketetapan MPR tentang pelarangan Partai Komunis yang tertuang dalam Tap MPR Nomor 25 Tahun 1966. Reformasi yang dilakukan pemerintah pada masa pemerintahan Abdurrahman Wahid ini bertujuan untuk melakukan rekonsiliasi. Namun, wacana tersebut mendapat penolakan dari segala sisi, salah satunya Menteri Kehakiman Yusril Ihza Mahendra.

Membuka hubungan dagang dengan Israel, yang juga banyak menuai protes dari masyarakat. Bahkan Gus Dur dianggap sebagai agen Yahudi oleh para demonstran. Melihat kondisi ini, pemerintah menganjurkan agar pembukaan hubungan tersebut ditunda